Հովհաննիսյան արխիվները Հովհաննիսյան ինստիտուտի գրադարանի նախագիծն է, որի նպատակն է Աշոտ Հովհաննիսյանի գիտական ժառանգության հավաքագրումը, այդ ժառանգության վերարժևորումը՝ ինչպես տեղական, այնպես էլ միջազգային մակարդակներում: Հովհաննիսյան արխիվներն այս գործունեությունն իրականացնում է արխիվացման, թվային և ոչ թվային հրատարակությունների, գիտաժողովների, ընթերցումների ու այլ ձևաչափերով։
Հովհաննիսյան արխիվների առաջնահերթ նպատակն է Աշոտ Հովհաննիսյանի ամբողջական կենսագրությունն ու մատենագիտությունը պատրաստելն ու առցանց հասանելի դարձնելը։